| Ders Adı | Kodu | Yerel Kredi | AKTS | Ders (saat/hafta) | Uygulama (saat/hafta) | Laboratuar (saat/hafta) |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Biyoinformatik ve Bilgisayar Biyolojisinin Esasları | BYE5201 | 3 | 7.5 | 3 | 0 | 0 |
| Önkoşullar | Yok |
|---|
| Yarıyıl | Bahar |
|---|
| Dersin Dili | İngilizce |
|---|---|
| Dersin Seviyesi | Yüksek Lisans |
| Dersin Türü | Seçmeli @ Biyomühendislik ABD Biyomühendislik Yüksek Lisans Programı (Tezsiz, 2. Öğretim, İngilizce) |
| Ders Kategorisi | Temel Meslek Dersleri |
| Dersin Veriliş Şekli | Yüz yüze |
| Dersi Sunan Akademik Birim | Biyomühendislik Bölümü |
|---|---|
| Dersin Koordinatörü | Alper Yılmaz |
| Dersi Veren(ler) | Sevil Yücel |
| Asistan(lar)ı |
| Dersin Amacı | Biyoinformatiğin temel prensipleri hakkında bilgi vermek, Biyomedikal bilgi teknolojisinin farklı alanlara uygulanmasını öğretmek, Biyoinformatiğin modellemelerde (3D yapı tahmini ve modelleme) kullanılmasını öğretmek |
|---|---|
| Dersin İçeriği | Bilgisayar biyolojisine giriş: protein düzen analizi, nükleik asid düzen analizi, filogenetik (evrimsel genetik) analizi, motif bağlanma, kapalı Markov modelleri, 3D yapı tahmini ve modelleme, Ortaya çıkan alanlara bir bakış; ekspresyonun tarihçesi, sayısal görüntü analizi, hücresel sinyal iletim ağlarının modellenmesi, Biyomedikal bilgi teknolojisi; biyolojik ve medikal verilerle ilgili olarak çağdaş bilgi sistemlerinin dizaynı; veri kazanımı, veri depolama, müşteri-hizmet veren dizaynları, veri değişim protokolları ve bilgisayar modelleme mimarlığı, Bilgisayarlı nöroloji bilimi; sinir sistemine giriş, sinir ve kas hücrelerinin fizyolojisi, sinaps ile ilgili ileti ve algılayan kas hücreleri, İleri biyolojik modelleme: birçok biyolojik ve mühendislik prosesini tanımlayan gerçekçi matematik modellerin düzenlenmesi ve analizi; bilgisayar cebir sistemleri; düzensizlik metodları, optimizasyona giriş. |
| Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar |
|
| Opsiyonel Program Bileşenleri | Yok |
Ders Öğrenim Çıktıları
- Öğrenciler biyoinformatiğin esası, biyoinformatiğin kullanılması konularında gerekli temel bilgileri kazanacaklardır.
- Öğrenciler biyoinformatik bilgilerini kullanarak protein ve DNA analizinin yapılmasını öğreneceklerdir.
- Öğrenciler ileri biyolojik modelleme (birçok biyolojik ve mühendislik prosesini tanımlayan gerçekçi matematik modellerin) düzenlenmesi ve analizini öğreneceklerdir
- Öğrenciler biyoinformatiğin kullanıldığı alanlar hakkında bilgi sahibi olacaktır.
- Öğrenciler veri depolama ve veri değişimi için kullanılan yazılımları ve protokolleri öğrenecektir.
Haftalık Konular ve İlgili Ön Hazırlık Çalışmaları
| Hafta | Konular | Ön Hazırlık |
|---|---|---|
| 1 | Hesapsal biyolojiye giriş | Ders kitabı 1, 2 |
| 2 | Protein dizisi analizi | Ders kitabı 1, 2 |
| 3 | Nükleik asit dizisi analizi | Ders kitabı 1, 2 |
| 4 | Filogenetik analiz | Ders kitabı 1, 2 |
| 5 | Bağlanma motifleri, kapalı Markov modelleri, 3 boyutlu yapı tahmini ve modelleme | Ders kitabı 1, 2 |
| 6 | Mevcut alanlara bir bakış; ekspresyon analizi, sayısal görüntü analizi, hücresel sinyal iletim ağlarının modellenmesi | Ders kitabı 1, 2 |
| 7 | Biyomedikal bilgi teknolojisi; biyolojik ve medikal verilerle ilgili olarak çağdaş bilgi sistemlerinin dizaynı | Ders kitabı 1, 2 |
| 8 | Veri kazanımı, veri depolama, işlemci-sunucu tarzında dizaynlar | Ders kitabı 1, 2 |
| 9 | Ara sınav | Ders kitabı |
| 10 | Veri değişim protokolları ve bilgisayar modelleme mimarlığı | Ders kitabı 1, 2 |
| 11 | Bilgisayarlı nöroloji bilimi; sinir sistemine giriş, sinir ve kas hücrelerinin fizyolojisi, sinaps ile ilgili ileti ve algılayan kas hücreleri | Ders kitabı 1, 2 |
| 12 | İleri biyolojik modelleme: birçok biyolojik ve mühendislik prosesini tanımlayan gerçekçi matematik modellerin düzenlenmesi ve analizi | Ders kitabı 1, 2 |
| 13 | Bilgisayar cebir sistemleri | Ders kitabı 1, 2 |
| 14 | Düzensizlik metodları, optimizasyona giriş | Ders kitabı 1, 2 |
| 15 | Biyoinformatikte kullanılan algoritmalara bakış | Ders kitabı 1, 2 |
| 16 | Final | Ders kitabı |
Değerlendirme Sistemi
| Etkinlikler | Sayı | Katkı Payı |
|---|---|---|
| Devam/Katılım | ||
| Laboratuar | ||
| Uygulama | ||
| Arazi Çalışması | ||
| Derse Özgü Staj | ||
| Küçük Sınavlar/Stüdyo Kritiği | ||
| Ödev | 5 | 20 |
| Sunum/Jüri | ||
| Projeler | 1 | 15 |
| Seminer/Workshop | ||
| Ara Sınavlar | 1 | 25 |
| Final | 1 | 40 |
| Dönem İçi Çalışmaların Başarı Notuna Katkısı | ||
| Final Sınavının Başarı Notuna Katkısı | ||
| TOPLAM | 100 | |
AKTS İşyükü Tablosu
| Etkinlikler | Sayı | Süresi (Saat) | Toplam İşyükü |
|---|---|---|---|
| Ders Saati | 16 | 3 | |
| Laboratuar | |||
| Uygulama | |||
| Arazi Çalışması | |||
| Sınıf Dışı Ders Çalışması | 14 | 6 | |
| Derse Özgü Staj | |||
| Ödev | 5 | 8 | |
| Küçük Sınavlar/Stüdyo Kritiği | |||
| Projeler | 1 | 10 | |
| Sunum / Seminer | |||
| Ara Sınavlar (Sınav Süresi + Sınav Hazırlık Süresi) | 1 | 18 | |
| Final (Sınav Süresi + Sınav Hazırlık Süresi) | 1 | 25 | |
| Toplam İşyükü : | |||
| Toplam İşyükü / 30(s) : | |||
| AKTS Kredisi : | |||
| Diğer Notlar | Yok |
|---|
