YTU - Bologna Information System

Ders Adı	Kodu	Yerel Kredi	AKTS	Ders (saat/hafta)	Uygulama (saat/hafta)	Laboratuar (saat/hafta)
Biyoenformatiğe Giriş	BLM3810	3	5	3	0	0

Önkoşullar	Yok

Yarıyıl	Bahar

Dersin Dili	İngilizce, Türkçe
Dersin Seviyesi	Lisans
Dersin Türü	Seçmeli @ Bilgisayar Mühendisliği Lisans Programı
Ders Kategorisi	Uzmanlık/Alan Dersleri
Dersin Veriliş Şekli	Yüz yüze

Dersi Sunan Akademik Birim	Bilgisayar Mühendisliği Bölümü
Dersin Koordinatörü	Nizamettin Aydın
Dersi Veren(ler)	Banu Diri
Asistan(lar)ı

Dersin Amacı	Modern biyoloji araştırmalarında problemlerin çözümü için biyoenformatik yaklaşımların önemini anlama, yazılım teknolojilerini uygulayabilme, sonuçları değerlendirebilme ve yorumlayabilme becerisini kazandırmak.
Dersin İçeriği	Biyoenformatik moleküler biyoloji, biyofizik, istatistik ve bilgisayar bilimlerini tümleştiren ve hızlı gelişen bir alandır. Ders biyolojik problemlerin çözümü için bilişim araçlarını da kullanan biyoenformatiğe genel bir bakış sağlar. Konular: veritabanı araması, sekans hizalaması, gen tahmini, RNA ve protein yapısı tahmini, filogenetik ağaçların oluşturulması, karşılaştırmalı ve işlevsel genomik.
Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar	Bioinformatics, Biocomputing and Perl. Michael Moorhouse, Paul Barry Introduction to Bioinformatics. Arthur M. Lesk Fundamental Concepts of Bioinformatics. Dan E. Krane, Michael L. Raymer Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis. David W. Mount Beginning Perl for Bioinformatics. James Tisdall Bioinformatics: A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins. Andreas D. Baxevanis
Opsiyonel Program Bileşenleri	Yok

Ders Öğrenim Çıktıları

Öğrenci temel biyolojik problemleri anlama becerisi kazanacaktır.
Öğrenci uygun bilgisayarlı hesaplama araçlarını kullanma becerisi kazanacaktır.
Öğrenci bilişimsel yaklaşımların altındaki temel prensipleri anlama becerisi kazanacaktır.
Öğrenci istatistiksel ve matematiksel yaklaşımların altındaki temel prensipleri anlama becerisi kazanacaktır.
Öğrenci bilgisayarlı hesaplama araçlarının kısıtlarını anlama ve sonuçların kritik olarak nasıl yorumlanacağı becerisini kazanacaktır.

Hafta	Konular	Ön Hazırlık
1	Giriş. Biyoenformatiğin tanımı, Biyoenformatiğin önemi.
2	Moleküler biyolojiye genel bir bakış. Hücreler, kromozomlar, DNA, RNA, Aminoasitler, Proteinler, Genome, Transcriptome, Proteome.
3	Yazılım aracı olarak Perl, kurulumu ve proglamlanması.
4	İki sekansın hizalanması. Sekansların birbirleriyle ilişkileri.
5	Hizalama yöntemleri (Görsel, Brute Force, Dinamik programlama, Kelime temelli). Hizalama yöntemleri (Görsel, Brute Force, Dinamik programlama, Kelime temelli).
6	Dot plot, Küresel hizalama, Yöresel hizalama.
7	Skor matrisleri, Hizalamanın ölçüsü.
8	Yıl içi sınavı.
9	İleri Perl programlama. Tek satırlık programlar.
10	Biyoenformatikte veritabanı sistemleri ve Perl.
11	Biyoenformatikte Web teknolojileri ve Perl.
12	Çoklu sekans hizalaması. Küresel çoklu sekans hizalaması, progressive küresel hizalaması, iteratif yöntemler. Yöresel korunmuş örüntülere dayalı küresel çoklu hizalama.
13	Yöresel çoklu hizalama, profil analizi, blok analizi. Örüntü arama ya da istatistiksel yöntemler.
14	Sekans veri dosyası formatları.
15	Proje değerlendirme. Sunumlar.
16	Yıl sonu sınavı.

Etkinlikler	Sayı	Katkı Payı
Devam/Katılım
Laboratuar
Uygulama
Arazi Çalışması
Derse Özgü Staj
Küçük Sınavlar/Stüdyo Kritiği
Ödev	3	15
Sunum/Jüri	1	10
Projeler	1	10
Seminer/Workshop
Ara Sınavlar	1	25
Final	1	40
Dönem İçi Çalışmaların Başarı Notuna Katkısı
Final Sınavının Başarı Notuna Katkısı
TOPLAM		100

Etkinlikler	Sayı	Süresi (Saat)
Ders Saati	16	3
Laboratuar
Uygulama
Arazi Çalışması
Sınıf Dışı Ders Çalışması	13	3
Derse Özgü Staj
Ödev	3	10
Küçük Sınavlar/Stüdyo Kritiği
Projeler	1	9
Sunum / Seminer
Ara Sınavlar (Sınav Süresi + Sınav Hazırlık Süresi)	1	10
Final (Sınav Süresi + Sınav Hazırlık Süresi)	1	15
Toplam İşyükü :
Toplam İşyükü / 30(s) :
AKTS Kredisi :

Diğer Notlar	Yok